Pese al relieve, la capital inca se organiza conforme a un trazado ortogonal. El plano en forma de damero y la plaza central, lugar de partida de las cuatro carreteras que unían Cusco a las provincias del Imperio, no están muy alejados de los principios urbanísticos del Renacimiento aplicados a las ciudades del Nuevo Mundo. Así, pues, en el siglo XVI, la Plaza de Armas puede superponerse a la plaza inca y, con las demás plazas urbanas, el trazado de las calles es preservado por los nuevos planificadores.

En tiempos de los incas, Cusco había sido una ciudad con plazas bordeadas de fachadas de piedra maciza. Con el trazado de las calles, los coloniales preservaron la base de los edificios de mampostería, y numerosas calles estrechas y enlosadas aparecen, entre dos murallas de mampostería inca (rematadas con edificios coloniales), como corredores de piedra. Las iglesias con cúpulas, mezcla de estilos barroco y mestizo, se imponen en las diversas plazas. Unas viviendas bajas, con fachadas encaladas, integran las zonas más alejadas del centro.